Localizada no departamento de Colonia, esta sede está na ex-destilaria Rosario de ANCAP. Cercada por um entorno natural, tem uma série de laboratórios para microbiologia, análise físicoquímica, pesquisa e inovação, equipados com a mesma tecnologia que possuem os principais laboratórios e indústrias de laticínios do mundo. Aliás, tem uma sala de informática, salas de avaliação sensorial e uma Planta Piloto da Unidade de Inovação em Tecnologia de Alimentos.

Nueva Helvecia: A sede, localizada em Colonia, e a reconhecida Escola Superior de Laticínio de CETP/UTU. As instalações, no meio da natureza, tem uma máquina de ordenha com capacidade para 12 vacas, com tecnologia adequada para a gestão de dados dos rodeios de laticínios e um conceito de economia circular na administração dos afluentes. Aliás, a sede possui instalações para a hospedagem dos estudantes.

UTEC localiza-se nas instalações do Polo Tecnológico Paysandú - exinstalações de ANCAP - compartilhada com o CETP/UTU. Possui laboratórios com tecnologia atualizada aos padrões demandados pela indústria, entre os quais podemos nomear: laboratórios de microbiologia, análise fisicoquímica, análise de afluentes líquidos, e de pesquisa com equipamentos como HPLC, espectrómetros de massa, entre outros. A universidade também se localiza na ex-planta de Paylana, que tem laboratórios de última geração, plantas piloto e uma planta configurável de processos unitários, onde podem-se simular processos de fabricação de alimentos. Além disso, a UTEC oferece cursos nas instalações de Paysandú Inova e a Sede do Instituto Técnico Superior (ITS), divididos com CETP/UTU e a UdelaR.

A sede, localizada no Bairro Anglo, tem laboratórios de Eletrônica, Mecatrônica, Biomédica e Química, uma sala de informática, uma sala 3.0, um centro logístico e um laboratório de inovação aberta (LabA). Adicionalmente, tem um espaço para o lazer e a integração, uma cafetaria e uma ampla varanda com vista ao rio.

Localiza-se na capital do jazz, no departamento de Soriano, e num prédio cedido pela Associação de Músicos de Soriano (AMDESO), o que permete a UTEC apoiar o desenvolvimento cultural na comunidade. A sede tem cinco salas de aula, das quais quatro são insonorizadas para o correto funcionamento em simultáneo, e um pátio. Adicionalmente, está se construindo um laboratório de tecnologia musical.